Grunnleggande bioinformatikk

Lågaregradsemne

Emnebeskrivelse

Mål og innhald

Emnet gir ei innføring til fagfeltet bioinformatikk inkludert sentrale konsept og algoritma, utviklinga av feltet historisk, anvending og relevante etiske betraktningar. Tema som vert dekka er henting av informasjon frå biologiske databasar, parvis og multippel sekvenssamanstilling, fylogenetiske trær, skåringsmatriser, sekvenssøk i databasar med BLAST, statistisk evaluering av samanstillingsskår og mål for klassifikasjonsyting. I emnet går vi også gjennom relevante tema innan molekylærbiologi og spesielt konsept som genom og gener.

Læringsutbyte

Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:

Kunnskapar

Studenten skal:

  • ha ei generell forståing av sentrale tema og konsept innan bioinformatikk
  • ha ei grunnleggjande forståing av kva eit genom er og korleis ein "genome browser" kan brukast for å representere og utforske genom data
  • kjenne til ulike typar av og døme på biologiske databasar og kunnskapsbasar
  • kan forklare teorien som ligg bak vanlege metodar for sekvenssøk og sekvens-samanstilling
  • kunne forklare og gjere bruk av dynamisk programmering for parvis samanstilling av korte sekvensar
  • vere i stand til å samanlikne tekniske aspekt ved algoritmar for parvis lokal og global samanstilling
  • forstå og vere i strand til å forklara grunnleggande molekylærbiologi og evolusjon relevant for sekvens-samanstilling og relatera dei med dei respektive algoritmane
  • forstå og forklare dei viktigaste trinna for parvis og multippel sekvenssamanstilling
  • kjenne algoritmane som ligg bak sekvenssøk, spesielt BLAST
  • kjenne og anvende statistiske metodar for å bestemme sekvensomologi
  • vere i stand til å bruke og forstå ulike mål for klassifikasjonsytelse i samanheng med biologisk sekvens-analyse
  • ha ei grunnleggande forståing for ulike anvendelsesområder for bioinformatikk og være klar over relaterte etiske aspekt

Ferdigheiter

Studenten kan

  • bruke utvalt bioinformatiske databaser, "genome browsere" og verktøy på en kunnskapsbasert måte
  • programmere grunnleggjande algoritmar innan bioinformatikk og bruke slike algoritmar til å analysere konkrete data

Generell kompetanse

Studenten

  • beherskar å arbeide i grupper for å svare på biologiske spørsmål med bruk av datamaskin
  • forstå prinsippa bak nye online verktøy til sekvensanalyse

Fulltid/deltid

Fulltid

Studiepoeng, omfang

10

Studienivå (studiesyklus)

Bachelor

Undervisningssemester

Vår.
Krav til forkunnskapar
Ingen
Tilrådde forkunnskapar
INF100. Vere i stand til å implementere enkle algoritmar i et selvvalgt programmeringsspråk. En grunnleggande forståing for kva en algoritme er og algoritmars effektivitet. Det anbefalast å ha noko kunnskap i molekylærbiologi og statistikk.
Studiepoengsreduksjon

INF281: 5 studiepoeng

MOL204: 5 studiepoeng

Krav til studierett
For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet www.uib.no/matnat/52646/opptak-ved-mn-fakultetet
Arbeids- og undervisningsformer

Emnet gis som førelesningar og studentøvingar

Førelesningar, 2 timar per uke

Studentøvingar, 4 timer per uke

Obligatorisk undervisningsaktivitet
Godkjent obligatorisk aktivitet er gyldig i eit påfølgande semester etter godkjenninga.
Vurderingsformer

I emnet nyttar ein følgjande vurderingsformer:

  • Obligatorisk aktivitetar , utgjer 30 % av karakteren.
  • Skriftleg eksamen (3 timar), utgjer 70% av karakteren.

Dei obligatoriske arbeidskrava må vere godkjende før ein kan gå opp til eksamen.

Karakterskala
Karakterskalaen A-F blir nytta.
Vurderingssemester
Det er ordinær eksamen kvart semester. I semesteret utan undervisning er eksamen tidleg i semesteret.
Litteraturliste
Litteraturlista vil vere klar innan 01.07. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.
Emneevaluering
Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.
Hjelpemiddel til eksamen
Enkel kalkulator tillatt, i samsvar med modeller angitt i fakultetets regler
Programansvarleg
Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studieprogrammet og alle emna der.
Emneansvarleg
Emneansvarleg og administrativ kontaktperson finn du på Mitt UiB, kontakt eventuelt studieveileder@ii.uib.no
Administrativt ansvarleg
Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet v/ Institutt for informatikk har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.