Analyse av biologiske sekvensar og strukturar

Lågaregradsemne

Emnebeskrivelse

Mål og innhald

Emnet fokuserr på forståing og implementering av metodar for å analysere biologiske sekvensar, utover parvis samanstilling, og for prediksjon og analyse av RNA- og protein-struktur. Sekvens-baserte metodar inkluderer multippel sekvens-samanstilling, rekonstruksjon av fylogenetiske trær og deteksjon av sekvens-motiv, bruk av skjulte Markov-modeller i sekvens-analyse og gen-prediksjon. Struktur-baserte metodar inkluderer prediksjon av sekundær-struktur i RNA og i proteiner og samanstilling av RNA- og protein-strukturer. Emnet fokuserer på algoritmar og metodar, men innehelder også praktiske anvendelser og relevante verktøy og databaser.

Læringsutbyte

Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:

Kunnskapar

Studenten

  • skal forstå og vere i stand til å implementere algoritmar for å samanstille eit sett med biologiske sekvensar
  • skal forstå og vere i stand til å implementere metodar for rekonstruksjon av fylogenetiske trær
  • skal forstå og vere i stand til å implementere metodar for oppdaging og deteksjon av motiver i biologiske sekvensar
  • skal forstå og vere i stand til å bruke skjulte Markov-modeller for å analysere biologiske sekvensar
  • skal forstå hoved-tilnærmingene til gen-prediksjon og vere i stand til å implementere og bruke eit utval av konkrete algoritmar for det same
  • skal forstå representasjonar og format for skildring av RNA- og protein-strukturar
  • skal forstå hoved-tilnærming til prediksjon av sekundær-strukturar i RNA og protein og vere i stand til å implementere og bruke utvalt algoritmar for det same
  • skal forstår Bayesian rammeverk og sannsyn i biologisk dataanalyse

Ferdigheiter

Studenten

  • kan velja og bruka passande verktøy på reelle biologiske data og tolke resulterande ut-data
  • kan implementere og tilpasse algoritmar for å analysere sekvensar og for å predikere og samanlikne strukturar

Generell kompetanse

Studenten

  • kan arbeide i grupper for å adressera biologiske spørsmål ved bruk av datamaskin

Fulltid/deltid

Fulltid

Studiepoeng, omfang

10

Studienivå (studiesyklus)

Bachelor

Undervisningssemester

Haust.
Krav til forkunnskapar
Tilrådde forkunnskapar
BINF100 eller tilsvarande bakgrunn i bioinformatikk og molekylærbiologi. Vere i stand til å implementere enkle algoritmar i eit programmeringsspråk ein veljar sjølv. Ein grunnleggande forståing av algoritmar og effektiviteten deira er naudsynt. Eit emne i grunnleggande statistikk er sterkt anbefalt.
Studiepoengsreduksjon
INF281: 5 studiepoeng
Krav til studierett
For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet www.uib.no/matnat/52646/opptak-ved-mn-fakultetet
Arbeids- og undervisningsformer

Undervisninga gis i form av førelesningar og studentøvingar

Førelesningar, 4 timar per uke

Studentøvingar, 2 timar per uke

Obligatorisk undervisningsaktivitet
Godkjent obligatorisk aktivitet er gyldig i 1 påfølgande semester etter godkjenninga
Vurderingsformer
Mappevurdering. Mappa består av 30% innleveringar og 70% skriftleg skuleeksamen (3 timar). Både innleveringar og eksamen må vera bestått.
Karakterskala
Karakterskalaen A-F blir nytta.
Vurderingssemester
Det er ordinær eksamen kvart semester. I semesteret utan undervisning er eksamen tidleg i semesteret.
Litteraturliste
Litteraturlista vil vere klar innan 01.07. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.
Emneevaluering
Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.
Hjelpemiddel til eksamen
Enkel kalkulator tillatt, i samsvar med modeller angitt i fakultetets regler
Programansvarleg
Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studieprogrammet og alle emna der.
Emneansvarleg
Emneansvarleg og administrativ kontaktperson finn du på Mitt UiB, kontakt eventuelt studieveileder@ii.uib.no
Administrativt ansvarleg
Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet v/ Institutt for informatikk har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.