Anvendt bioinformatikk

Lågaregradsemne

Emnebeskrivelse

Mål og innhald

Emnet gir en innføring i bruk av bioinformatikkverktøy, inkludert søk i databaser, parvise og multiple sekvenssammenstillinger, fylogenetiske trær, analyse av proteinstrukturer, gjenkjenning av sekvensmønstre, samt en innføring i bruk av Python og Unix for bioinformatiske analyser. Det teoretiske grunnlaget for utvalgte metoder, for eksempel dynamisk programmering, studeres i detalj. Emnet består av forelesninger og gruppearbeid.

Læringsutbyte

Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:

Kunnskapar

Studenten

  • har kjennskap kva type av data som er tilgjengeleg frå dei mest vanlege proteinsekvens- og strukturdatabasane (UniProt, GenBank, RefSeq, Protein Data Bank).
  • kan teorien som ligg bak dei mest vanlege metodane for sekvenssøk og sekvenssamanstilling, og særskilt kjenner prinsippet og hovudtrinna for parvis og multippel sekvenssamanstilling.
  • kan forklare og er i stand til å anvende hovudtrinna i dynamisk programmering for enkle samanstillingar av korte sekvensar.
  • kan forklare prinsipper bak rekonstruksjon og tolkning av fylogenetiske trær.
  • forstår samanhenger mellom sekvenslikskap, 3D struktur og funksjon (for proteinar), og evolusjonsdistanse.
  • forstår prinsippa for korleis Hidden Markow Models og Position Specific Scoring Matrices kan nyttast til gjenkjenning av sekvensmønster.
  • kjenner berekningsmetodar som nyttast til å føreseie 3D strukturar frå proteinsekvensar.
  • har en grunnleggjande forståing for korleis ein kan nytte Unix og Python til å analysere biologiske data.

Ferdigheiter

Studenten er i stand til

  • å velje ut og nytte dei mest tenlege bioinformatiske sekvens- eller strukturdatabasane for å trekkje ut eller søkje data gitt eit spesifikt spørsmål i molekylærbiologi
  • velje ut og nytte dei mest tenlege metodane for samanstilling av sekvensar, rekonstruksjon av evolusjonært slektskap, visualisering og analyse av proteinstrukturar.
  • å ta i bruk Python og Unix for å utføre enkle bioinformatiske analyser.

Generell kompetanse

Studenten

  • kan reflektere med bruk av kunnskap og ferdigheiter i bioinformatikk om eit gitt problem i molekylærbiologi kan tene på ein bioinformatisk tilnærming, og kva for metodar som i så fall vil vere tenlege
  • kan i møte med ein ny nettbasert reiskap, få ei generell forståing av dei underliggjande prinsippa ved å bruke teoretisk kunnskap om dei mest nytta bioinformatiske metodane

Studiepoeng, omfang

10 studiepoeng

Studienivå (studiesyklus)

Bachelor

Undervisningssemester

Vår.

Emnet har eit avgrensa tal på plassar og inngår i undervisningsopptaket ved NT-fakultetet. Fristen for å melde seg til undervisning i emnet er onsdag i veke 3. Du får svar på om du har fått plass på emnet på Studentweb seinast måndag i veka etter fristen.

Det er obligatorisk oppmøte på første forelesing/orienteringsmøtet, og du kan risikere å miste plassen om du ikkje møter. Dersom du ikkje kan møte på første forelesing/orienteringsmøtet må du kontakte studieseksjonen på e-post: studie.bio@uib.no. Tidspunkt for første forelesing/orienteringsmøtet finn du i timeplanen under «Ressursar» øvst til høgre eller på Mitt UiB.

Undervisningsstad

Bergen
Krav til forkunnskapar
Tilrådde forkunnskapar
Ingen
Studiepoengsreduksjon
BINF100: 5 sp
Krav til studierett
For opptak til emnet er det krav om ein studierett knytt til Fakultet for naturvitenskap og teknologi og at du oppfyller forkunnskapskrava.
Arbeids- og undervisningsformer

Emnet gis som førelesningar og studentøvingar.

Førelesningar: Ca. 15 x 2 timar

Studentøvingar: Ca 15 x 2 timar

Gjennom semesteret skal kvar student levere inn besvarelse på 4-6 oppgåver. Dette vektes 30% av endeleg karakter. Eksamen i emnet vektes 70% av endeleg karakter. 

Obligatorisk undervisningsaktivitet

Første forelesning / orientering er obligatorisk.

Gjennomførte aktivitetar er gyldig i seks semester (undervisningssemesteret og dei fem påfølgande semestra).

All obligatorisk aktivitet må vere godkjent før ein kan ta eksamen.

Vurderingsformer

Skriftleg eksamen, 4 timar (70%)

Skriftlege oppgåver (30%)

I semester utan undervisning:

I semester utan undervisning kan studenten gjennomføra skuleeksamen, dersom oppgåvene er bestått. Resultatet av denne eksamen vil utgjere 70% av karaktergrunnlaget og oppgåvene vil utgjere 30%.

Karakterskala
Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta. A er beste karakter. F er stryk.
Vurderingssemester
Det er eksamen kvart semester
Litteraturliste
Litteraturlista vil vere klar innan 01.07. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.
Emneevaluering
Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.
Hjelpemiddel til eksamen
Enkel kalkulator i samsvar med modell oppført i fakultetets reglar.
Programansvarleg
Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studeprogrammet og alle emna der.
Emneansvarleg
Håkon Dahle (Hakon.Dahle@uib.no)
Administrativt ansvarleg
Fakultet for naturvitenskap og teknologi ved Institutt for biovitskap har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.