Forskningsutstyr ved Michael Sars-senteret

Olympus SpinSR10 spinning disc-mikroskop

Gir rask superoppløsningsavbildning av levende celler med minimal fototoksisitet. Lasere på 405, 488, 561, 640, 445 og 514 nanometer, og dobbelt kameraoppsett som tar opp to kanaler samtidig. Motorisert bord og opptakshastighet ned til 5 millisekunder per bilde gjør det mulig å avbilde mange områder eller hele objektglass raskt. FRET er tilgjengelig med en kraftig 445-nanometerlaser, og et 3,2x sekundærobjektiv gir superoppløsning.

FV3000 konfokalmikroskop

Fleksibel avbildningsplattform med silikonobjektiver som gir dyp avbildning i store vevsprøver. Hybridskanneren tar opp til 438 bilder i sekundet, og Olympus' superoppløsningsteknologi gir oppløsning ned til 120 nanometer. FRET er tilgjengelig med alle lasere. Både FV3000 og SpinSR10 har objektivene UPLXAPO 10x luft, samt UPlanSApo 30x, 40x og 60x silikon og 60x olje.

Femto-2D multifotonmikroskop

Brukes mest til tofotonmikroskopi og kalsium- og spenningsavbildning i dypt vev og sterkt autofluorescerende prøver. Femtonics 2D oppreist mikroskop basert på Olympus BX61 WI, med 20x vannimmersjon og 60x oljeimmersjon. Coherent Chameleon Ultra II-laser med over 3,5 watt utgangseffekt ved 800 nanometer og innstillingsområde fra 690 til 1080 nanometer. Tre PMT-detektorer, CMOS-kamera og motorisert bord, montert på optisk bord.

Leica Stellaris 8 Falcon konfokalmikroskop

Brukes til laserskannende fluorescenskonfokalmikroskopi av fikserte og levende prøver, avbildning i flere posisjoner og brønner, optogenetiske manipulasjoner og fluorescenslevetidsavbildning (FLIM). Motorisert, invertert DMi8 med HC PL APO-objektiver i 20x luft, 40x vann, 40x glyserol og 63x vann. 405-nanometer diodelaser og hvitlyslaser, tre detektorer, vannpumpe for lange opptak og temperaturkontrollert kammer.

Sammensatte mikroskoper

Zeiss Imager M2 er et motorisert transmisjons- og epifluorescensmikroskop med objektiver fra 5x til 100x, lysfelt og DIC, filterkuber for GFP, mCherry og CFP, fargekamera og monokromt kamera, på antivibrasjonsbord. Nikon Eclipse E800 har objektiver fra 10x til 100x, lysfelt og DIC og filterkuber for DAPI, GFP og YFP. Zeiss Examiner A1 har fast prøvebord, objektiver fra 2,5x til 100x, og lysfelt, DIC og polarisasjon.

Preparermikroskoper

Zeiss Discovery V8 har 8x zoom, on-axis-optikk og transmisjonslysbase. Leica M165 FC er et epifluorescens-preparermikroskop med 16,5x zoom, lysfelt, mørkefelt og Rottermann-kontrast, filterkuber for GFP og Texas Red og et fargekamera på 3340 x 2830 piksler.

Arbeidsstasjon for bildebehandling

Egen arbeidsstasjon for bildebehandling med Windows og Imaris 8.4.

Mikroinjeksjonsfasiliteten

Tre Nikon TE2000-mikroskoper og ett TE300, alle inverterte, med transmisjonslys, DIC og fluorescens. Filterkuber for DAPI, EGFP, EYFP, ECFP og TRITC, objektiver på 4x, 10x, 20x og 40x, og manuelle Narishige-mikromanipulatorer. De tre TE2000-stasjonene bruker Eppendorf FemtoJet-injektorer og CellTram oljemanipulatorer til å holde zygotene på plass. Booking skjer i et elektronisk system uten tidsbegrensning.

WOLF G2 cellesorterer

Benkemodell for mikrofluidikkbasert cellesortering med flowcytometrifunksjoner. To lasere på 488 og 561 nanometer og fire båndpassfiltre gjør det mulig å påvise opptil ni fluoroforer. Sorterer både i bulk og enkeltceller ned i 96- og 384-brønnsplater, med over 5 000 hendelser i sekundet og opptil 99 prosent renhet.

Lonza 4D-Nucleofector celletransfeksjon

Transfeksjon av celler med DNA, RNA, RNP-er og proteiner uavhengig av substrat. Brukes blant annet av Burkhardt-gruppen til å transfektere krageflagellater. Enheten tar 20 mikroliter Nucleocuvette-strips og 100 mikroliter enkeltkyvetter, og håndterer fra 20 000 til 20 millioner celler. Brukeren kjøper egne kyvetter og buffere.

ÄKTA pure 25 proteinrensing

System for rensing av proteiner, peptider, nukleinsyrer og andre biomolekyler, tilgjengelig i Burkhardt-gruppen. Støtter affinitets- og ionebytterkromatografi med MonoQ- og MonoS-kolonner, og gelfiltrering med Superdex 75 og 200 for å studere protein-protein-interaksjoner.

Leica CM1860 kryostat

Til rutinehistologi på frosne prøver. Gir snitt fra 1 til 100 mikrometer ved kammertemperatur fra 0 til minus 35 grader. Kutting med Leica C-profil stålkniv, med egen kniv til gjestebrukere. Booking skjer i kalender uten tidsbegrensning.

3D-printer

Ultimaker S5 FDM-printer med byggevolum på 330 x 240 x 300 millimeter, tilgjengelig i Christiaen-gruppen. Dobbel ekstruder for støttemateriale og kompositter med glass- eller karbonfiber, automatisk bordnivellering og materialhåndtering.

MiSeq sekvenserer

Sekvenserer DNA- og cDNA-bibliotek med Illumina-adaptere. Konsentrasjon og størrelsesfordeling må sjekkes før kjøring, for eksempel med Qubit, Bioanalyzer, qPCR eller TapeStation. Kittversjonen bestemmer utbyttet, opptil 15 gigabaser tilsvarende 25 millioner avlesninger, og leselengde opptil 300 basepar i paret ende.

Nanopore langlesesekvensering

Oxford Nanopore PromethION 2 Solo og MinION. Plattformen sekvenserer både DNA og RNA, enten amplifisert eller nativt, slik at endogene modifikasjoner som metylering fanges opp. Fragmentlengdene går fra rundt 200 baser til flere millioner baser. PromethION passer til høy gjennomstrømming, mens MinION er lommestor og kan brukes i felt.

10X Genomics Chromium X

Chromium X og Chromium-kontrolleren støtter alle gjeldende enkeltcelleanalyser fra 10X Genomics, fra tusen til flere hundre tusen celler. Alt tilleggsutstyr som brukes under prøve- og bibliotekpreparering er tilgjengelig på stedet, blant annet magnetstativ, vortex-adapter og Bioanalyzer.

Bio-Rad CFX Opus 96 qPCR

96-brønns kapasitet med prøvestørrelse fra 1 til 50 mikroliter. Påviser opptil fem fargestoffer med seks LED-filtre for eksitasjon fra 450 til 584 nanometer og seks fotodiodedetektorer fra 515 til 730 nanometer, blant annet SYBR Green, FAM, HEX, ROX og Cy5. CFX Maestro-programvaren håndterer smeltekurveanalyser.

Lynagh-gruppen har et oppsett for tokelektrode-spenningsklemme til store celler med HEKA-programvare, og et patch clamp-oppsett til små celler. Patch clamp-riggen består av et invertert IX83-mikroskop, Siskiyou piezo-veksler, Axon Instruments 200B-forsterker med programvare, 4x og 20x objektiver, lysfelt og GFP-fluorescens og et CMOS-kamera på 2,3 megapiksler med opptil 41 bilder i sekundet.

Gruppen har også en MF-2 mikroforge til polering av mikropipetter, med holdere for 1, 1,2 og 1,5 millimeter, og et Gonotec Osmomat osmometer til løsninger. Oppsettet passer for brukere som allerede har erfaring med elektrofysiologi.