Forskning
Jeg er leder for Institutt for informatikk og har i denne rollen overordnet ansvar for instituttets virksomhet inkludert forskning og utdanning.
Mitt eget forskningsfelt er bioinformatikk - utvikling og bruk av informatikk-metoder på analyse av molekylærbiologiske data. Jeg er interessert i metoder for oppdaging av mønstre, data-analyse, algoritmer og maskinlæring anvendt på molekylærbiologiske data. Min forskning inkluderer tett samarbeid med eksperimentelle grupper innen for ulike biologiske og biomedisinske felt. Jeg arbeider med analyse av ulike typer data slik som DNA-sekvenser (og genomer), proteiners sekvenser og struktur, gen-uttrykkingsdata og data produsert av høykapasitets-teknologier innen for eksempel sekvensering. Gruppen min er også engasjert i utvikling og bruk av metoder for integrasjon av data og verktøy innen bioinformatikk.
Undervisning
Jeg underviser primært kurs innen feltet bioinformatikk, men har også undervist blant annet brukerkurs i informatikk og kurs innen databaser.
Publikasjoner
2024
- Danneels, Bram; Goksøyr, Anders; Jonassen, Inge et al. (2024). Gene loss in the chemical defensome of marine mammals. (ekstern lenke)
- Danneels, Bram; Ruivo, Raquel; Oliveira, Diogo et al. (2024). Gene set annotation and pseudogene prediction using reference genomes. (ekstern lenke)
- Kleftogiannis, Dimitrios; Gavasso, Sonia; Tislevoll, Benedicte Sjo et al. (2024). Automated cell type annotation and exploration of single-cell signaling dynamics using mass cytometry. (ekstern lenke)
2023
- Ehsani, Rezvan; Jonassen, Inge; Akslen, Lars Andreas et al. (2023). LOCATOR: feature extraction and spatial analysis of the cancer tissue microenvironment using mass cytometry imaging technologies. (ekstern lenke)
- Danneels, Bram; Goksøyr, Anders; Jonassen, Inge (2023). A genomic approach to decode marine mammal toxicology. (ekstern lenke)
- Tislevoll, Benedicte Sjo; Hellesøy, Monica; Fagerholt, Oda Helen Eck et al. (2023). Author Correction: Early response evaluation by single cell signaling profiling in acute myeloid leukemia (Nature Communications, (2023), 14, 1, (115), 10.1038/s41467-022-35624-4). (ekstern lenke)
- Eide, Marta; Goksøyr, Anders; Yadetie, Fekadu et al. (2023). Integrative omics-analysis of lipid metabolism regulation by peroxisome proliferator-activated receptor a and b agonists in male Atlantic cod. (ekstern lenke)
- Tislevoll, Benedicte Sjo; Hellesøy, Monica; Fagerholt, Oda Helen Eck et al. (2023). Early response evaluation by single cell signaling profiling in acute myeloid leukemia. (ekstern lenke)
- Brun, Nadja R; Eide, Marta; Goksøyr, Siri Øfsthus et al. (2023). Toxicogenomics using precision-cut liver slice culture in fish. (ekstern lenke)
- Yadetie, Fekadu; Brun, Nadja Rebecca; Müller, Mette Helen Bjørge et al. (2023). Toxicogenomics using precision-cut liver slice culture in fish . (ekstern lenke)
2022
- Dondrup, Michael; Eichner, Christiane; Dalvin, Sussie et al. (2022). LiceBase- An organism-Specific Database for Functional Genomics of Salmon Louse. (ekstern lenke)
- Tislevoll, Benedicte Sjo; Hellesøy, Monica; Fagerholt, Oda Helen Eck et al. (2022). Early response evaluation by single cell signaling profiling in acute myeloid leukemia. (ekstern lenke)
- Kleftogiannis, Dimitrios; Tislevoll, Benedicte Sjo; Hellesøy, Monica et al. (2022). Identifying predictors of survival in patients with leukemia using single-cell mass cytometry and machine learning. (ekstern lenke)
2021
- Skern-Mauritzen, Rasmus; Malde, Ketil; Eichner, Christiane et al. (2021). The salmon louse genome: Copepod features and parasitic adaptations. (ekstern lenke)
- Zhou, Zhaoran; Eichner, Christiane; Nilsen, Frank et al. (2021). A novel approach to co-expression network analysis identifies modules and genes relevant for moulting and development in the Atlantic salmon louse (Lepeophtheirus salmonis). (ekstern lenke)
- Nielsen, Rune; Xue, Yaxin; Jonassen, Inge et al. (2021). Repeated bronchoscopy in health and obstructive lung disease: is the airway microbiome stable?. (ekstern lenke)
- Lavrichenko, Ksenia; Johansson, Stefan; Jonassen, Inge (2021). Comprehensive characterization of copy number variation (CNV) called from array, long- and short-read data. (ekstern lenke)
- Stansberg, Christine; Hovig, Eivind; Willassen, Nils Peder et al. (2021). Det er arbeidskrevende å gjøre data delbare!. (ekstern lenke)
- Eide, Marta; Zhang, Xiaokang; Karlsen, Odd André et al. (2021). The chemical defensome of five model teleost fish. (ekstern lenke)
- Zhang, Xiaokang; Jonassen, Inge; Goksøyr, Anders (2021). Machine Learning Approaches for Biomarker Discovery Using Gene Expression Data. (ekstern lenke)
- Lavrichenko, Ksenia; Helgeland, Øyvind; Njølstad, Pål Rasmus et al. (2021). SeeCiTe: a method to assess CNV calls from SNP arrays using trio data. (ekstern lenke)
- Goodwin, Morten; Pettersen, Klas Henning; Jonassen, Inge (2021). Episode 2 - Inge Jonassen forklarer sammenheng mellom kunstig intelligens og proteinfolding. (ekstern lenke)
2020
- Zhang, Xiaokang; Jonassen, Inge (2020). RASflow: an RNA-Seq analysis workflow with Snakemake. (ekstern lenke)
- Lekang, Katrine; Lanzén, Anders; Jonassen, Inge et al. (2020). Evaluation of a eukaryote phylogenetic microarray for environmental monitoring of marine sediments. (ekstern lenke)
- Bösl, Korbinian; Ghavidel, Fatemeh; Tekle, Kidane M et al. (2020). End-to-End Data Management Toolkit for Norwegian Life Scientists. (ekstern lenke)
- Brautaset, Trygve; Jonassen, Inge; Bösl, Korbinian et al. (2020). På tide å sette av fem prosent av prosjektmidlene til datahåndtering? . (ekstern lenke)
- Romanowska, Julia; Haaland, Øystein Ariansen; Jugessur, Astanand et al. (2020). Gene-methylation interactions: Discovering region-wise DNA methylation levels that modify SNP-associated disease risk. (ekstern lenke)
- Eide, Marta; Goksøyr, Anders; Yadetie, Fekadu et al. (2020). A multi-omics approach to study Ppar-mediated regulation of lipid metabolism in Atlantic cod (Gadus morhua). (ekstern lenke)
- Khan, Essa Ahsan; Zhang, Xiaokang; Hanna, Eileen Marie et al. (2020). Application of quantitative transcriptomics in evaluating the ex vivo effects of per- and polyfluoroalkyl substances on Atlantic cod (Gadus morhua) ovarian physiology. (ekstern lenke)
- Khan, Essa Ahsan; Zhang, Xiaokang; Hanna, Eileen Marie et al. (2020). Quantitative transcriptomics, and lipidomics in evaluating ovarian developmental effects in Atlantic cod (Gadus morhua) caged at a capped marine waste disposal site. (ekstern lenke)
Se en full oversikt over publikasjoner i Cristin
Se også min profil i google scholar: https://scholar.google.com/citations?user=RqvFRN4AAAAJ&hl=no&oi=ao