Jeg er leder for Institutt for informatikk og har i denne rollen overordnet ansvar for instituttets virksomhet inkludert forskning og utdanning.  

Mitt eget forskningsfelt er bioinformatikk - utvikling og bruk av informatikk-metoder på analyse av molekylærbiologiske data. Jeg er interessert i metoder for oppdaging av mønstre, data-analyse, algoritmer og maskinlæring anvendt på molekylærbiologiske data. Min forskning inkluderer tett samarbeid med eksperimentelle grupper innen for ulike biologiske og biomedisinske felt. Jeg arbeider med analyse av ulike typer data slik som DNA-sekvenser (og genomer), proteiners sekvenser og struktur, gen-uttrykkingsdata og data produsert av høykapasitets-teknologier innen for eksempel sekvensering. Gruppen min er også engasjert i utvikling og bruk av metoder for integrasjon av data og verktøy innen bioinformatikk.

Jeg underviser primært kurs innen feltet bioinformatikk, men har også undervist blant annet brukerkurs i informatikk og kurs innen databaser. 

2024

• Danneels, Bram; Ruivo, Raquel; Oliveira, Diogo et al. (2024). Gene set annotation and pseudogene prediction using reference genomes. (ekstern lenke)
• Danneels, Bram; Goksøyr, Anders; Jonassen, Inge et al. (2024). Gene loss in the chemical defensome of marine mammals. (ekstern lenke)
• Kleftogiannnis, Dimitrios; Gavasso, Sonia; Tislevoll, Benedicte Sjo et al. (2024). Automated cell type annotation and exploration of single-cell signaling dynamics using mass cytometry. (ekstern lenke)

2023

• Brun, Nadja R; Eide, Marta; Goksøyr, Siri Øfsthus et al. (2023). Toxicogenomics using precision-cut liver slice culture in fish. (ekstern lenke)
• Tislevoll, Benedicte Sjo; Hellesøy, Monica; Fagerholt, Oda Helen Eck et al. (2023). Early response evaluation by single cell signaling profiling in acute myeloid leukemia. (ekstern lenke)
• Eide, Marta; Goksøyr, Anders; Yadetie, Fekadu et al. (2023). Integrative omics-analysis of lipid metabolism regulation by peroxisome proliferator-activated receptor a and b agonists in male Atlantic cod. (ekstern lenke)
• Tislevoll, Benedicte Sjo; Hellesøy, Monica; Fagerholt, Oda Helen Eck et al. (2023). Author Correction: Early response evaluation by single cell signaling profiling in acute myeloid leukemia (Nature Communications, (2023), 14, 1, (115), 10.1038/s41467-022-35624-4). (ekstern lenke)
• Yadetie, Fekadu; Brun, Nadja Rebecca; Müller, Mette Helen Bjørge et al. (2023). Toxicogenomics using precision-cut liver slice culture in fish . (ekstern lenke)
• Ehsani, Rezvan; Jonassen, Inge; Akslen, Lars Andreas et al. (2023). LOCATOR: feature extraction and spatial analysis of the cancer tissue microenvironment using mass cytometry imaging technologies. (ekstern lenke)
• Danneels, Bram; Goksøyr, Anders; Jonassen, Inge (2023). A genomic approach to decode marine mammal toxicology. (ekstern lenke)

2022

• Tislevoll, Benedicte Sjo; Hellesøy, Monica; Fagerholt, Oda Helen Eck et al. (2022). Early response evaluation by single cell signaling profiling in acute myeloid leukemia. (ekstern lenke)
• Kleftogiannis, Dimitrios; Tislevoll, Benedicte Sjo; Hellesøy, Monica et al. (2022). Identifying predictors of survival in patients with leukemia using single-cell mass cytometry and machine learning. (ekstern lenke)
• Dondrup, Michael; Eichner, Christiane; Dalvin, Sussie et al. (2022). LiceBase- An organism-Specific Database for Functional Genomics of Salmon Louse. (ekstern lenke)

2021

• Stansberg, Christine; Hovig, Eivind; Willassen, Nils Peder et al. (2021). Det er arbeidskrevende å gjøre data delbare!. (ekstern lenke)
• Goodwin, Morten; Pettersen, Klas Henning; Jonassen, Inge (2021). Episode 2 - Inge Jonassen forklarer sammenheng mellom kunstig intelligens og proteinfolding. (ekstern lenke)
• Skern-Mauritzen, Rasmus; Malde, Ketil; Eichner, Christiane et al. (2021). The salmon louse genome: Copepod features and parasitic adaptations. (ekstern lenke)
• Lavrichenko, Ksenia; Helgeland, Øyvind; Njølstad, Pål Rasmus et al. (2021). SeeCiTe: a method to assess CNV calls from SNP arrays using trio data. (ekstern lenke)
• Eide, Marta; Zhang, Xiaokang; Karlsen, Odd André et al. (2021). The chemical defensome of five model teleost fish. (ekstern lenke)
• Zhou, Zhaoran; Eichner, Christiane; Nilsen, Frank et al. (2021). A novel approach to co-expression network analysis identifies modules and genes relevant for moulting and development in the Atlantic salmon louse (Lepeophtheirus salmonis). (ekstern lenke)
• Zhang, Xiaokang; Jonassen, Inge; Goksøyr, Anders (2021). Machine Learning Approaches for Biomarker Discovery Using Gene Expression Data. (ekstern lenke)
• Lavrichenko, Ksenia; Johansson, Stefan; Jonassen, Inge (2021). Comprehensive characterization of copy number variation (CNV) called from array, long- and short-read data. (ekstern lenke)
• Nielsen, Rune; Xue, Yaxin; Jonassen, Inge et al. (2021). Repeated bronchoscopy in health and obstructive lung disease: is the airway microbiome stable?. (ekstern lenke)

2020

• Barzine, Mitra Parissa; Freivalds, Karlis; Wright, James C. et al. (2020). Using Deep Learning to Extrapolate Protein Expression Measurements. (ekstern lenke)
• Hanna, Eileen Marie; Zhang, Xiaokang; Eide, Marta et al. (2020). ReCodLiver0.9: Overcoming Challenges in Genome-Scale Metabolic Reconstruction of a Non-model Species. (ekstern lenke)
• Stansberg, Christine; Willassen, Nils P; Thomassen, Gard O Sundby et al. (2020). How open databases turn out to be crucial in the fight against Covid-19. (ekstern lenke)
• Brautaset, Trygve; Jonassen, Inge; Bösl, Korbinian et al. (2020). På tide å sette av fem prosent av prosjektmidlene til datahåndtering? . (ekstern lenke)
• Chen, Yi-Ju; Roumeliotis, Theodoros I.; Chang, Ya-Hsuan et al. (2020). Proteogenomics of Non-smoking Lung Cancer in East Asia Delineates Molecular Signatures of Pathogenesis and Progression. (ekstern lenke)
• Bösl, Korbinian; Ghavidel, Fatemeh; Tekle, Kidane M et al. (2020). End-to-End Data Management Toolkit for Norwegian Life Scientists. (ekstern lenke)
• Zhang, Xiaokang; Jonassen, Inge (2020). RASflow: an RNA-Seq analysis workflow with Snakemake. (ekstern lenke)
• Xue, Yaxin; Lanzén, Anders; Jonassen, Inge (2020). Reconstructing ribosomal genes from large scale total RNA meta-transcriptomic data. (ekstern lenke)

Se en full oversikt over publikasjoner i Cristin

Se også min profil i google scholar: https://scholar.google.com/citations?user=RqvFRN4AAAAJ&hl=no&oi=ao