Innføring i omics

Emnet gjev ein innføring i bioinformatikk for prosessering og analyse av data produsert ved hjelp av høy-kapasitets omics teknologiar inkludert sekvensering og masse-spektrometri basert proteomikk. Emnet inkluderer en innføring i relevante teknologier for data-generering, data-typane som blir produsert og steg for å prosessere og forberede data for analyse. Vidare inkluderer emnet metodar for å plassere avleste sekvensar på et referanse-assembly, for "de novo" assembly av genomer og transkriptomer, for analyse av alternativ spleising, genomiske varianter og for estimering av ekspresjonsnivå. I tillegg dekker emnet tilnærmingar til deteksjon av differensielt uttrykk på enkeltgen/protein-nivå samt på nettverk/system-nivå for eksempel ved bruk av over-representasjonsanalyse.

Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:

Kunnskapar

Studenten skal

• Ha en generell forståing for nøkkel-teknologiar som brukas for å generere omics-data
• Forstå og være i stand til å implementere metodar for kvalitetskontroll, filtering og normalisering av sekvenserings- og proteomikk-data
• Forstå og være i stand til å forklare metodar for "mapping" av sekvensar og for "de novo" assembly av genomer og transkriptomer
• Forstår og være i stand til å forklare metodar for protein-identifikasjon og analyse av post-translasjonelle modifikasjonar
• Forstå og være i stand til å implementere og bruke metodar for deteksjon og annotering av genomiske variantar
• Forstå og være i stand til å implementere metodar for analyse av differensielt uttrykk og over-representasjonsanalyse

Ferdigheiter

Studenten kan

• Anvende ledande verktøy for å analysere reelle data fra sekvensering og proteomikk
• Ta del i å utforme et omikk-basert eksperiment for å adressere et biologisk spørsmål - og ta en ledande rolle i analyse av resulterande data

Generell kompetanse

Studenten kan

• Delta i grupper for å utføre og analysere omikk-eksperiment for å adressere et bestemt biologisk spørsmål

Fulltid

10

Bachelor

Haust.