Anvendt bioinformatikk

Lågaregradsemne

Emnebeskrivelse

Mål og innhald

Emnet gir en innføring i bruk av bioinformatikkverktøy, inkludert søk i databaser, parvise og multiple sekvenssammenstillinger, fylogenetiske trær, analyse av proteinstrukturer, gjenkjenning av sekvensmønstre, samt en innføring i bruk av Python og Unix for bioinformatiske analyser. Det teoretiske grunnlaget for utvalgte metoder, for eksempel dynamisk programmering, studeres i detalj. Emnet består av forelesninger og gruppearbeid.

Læringsutbyte

Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:

Kunnskapar

Studenten

  • Har kjennskap kva type av data som er tilgjengeleg frå dei mest vanlege proteinsekvens- og strukturdatabasane (UniProt, GenBank, RefSeq, Protein Data Bank).
  • Kan teorien som ligg bak dei mest vanlege metodane for sekvenssøk og sekvenssamanstilling, og særskilt kjenner prinsippet og hovudtrinna for parvis og multippel sekvenssamanstilling.
  • Kan forklare og er i stand til å anvende hovudtrinna i dynamisk programmering for enkle samanstillingar av korte sekvensar.
  • Kan forklare prinsipper bak rekonstruksjon og tolkning av fylogenetiske trær.

Forstår samanhenger mellom sekvenslikskap, 3D struktur og funksjon (for proteinar), og evolusjonsdistanse.

Forstår prinsippa for korleis `Hidden Markow Models¿ og `Position Specific Scoring Matrices¿ kan nyttast til gjenkjenning av sekvensmønster.

  • Kjenner berekningsmetodar som nyttast til å føreseie 3D strukturar frå proteinsekvensar.
  • Har en grunnleggjande forståing for korleis ein kan nytte `Unix¿ og `Python¿ til å analysere biologiske data.

Ferdigheiter

Studenten er i stand til;

  • å velje ut og nytte dei mest tenlege bioinformatiske sekvens- eller strukturdatabasane for å trekkje ut eller søkje data gitt eit spesifikt spørsmål i molekylærbiologi
  • velje ut og nytte dei mest tenlege metodane for samanstilling av sekvensar, rekonstruksjon av evolusjonært slektskap, visualisering og analyse av proteinstrukturar.
  • Å ta i bruk `Python¿ og `Unix¿ for å utføre enkle bioinformatiske analyser.

Generell kompetanse

Studenten

  • kan reflektere med bruk av kunnskap og ferdigheiter i bioinformatikk om eit gitt problem i molekylærbiologi kan tene på ein bioinformatisk tilnærming, og kva for metodar som i så fall vil vere tenlege
  • kan i møte med ein ny nettbasert reiskap, få ei generell forståing av dei underliggjande prinsippa ved å bruke teoretisk kunnskap om dei mest nytta bioinformatiske metodane

Studiepoeng, omfang

10 studiepoeng

Studienivå (studiesyklus)

Bachelor

Undervisningssemester

Vår.

Emnet har eit avgrensa tal på plassar og inngår i undervisningsopptaket ved MN-fakultetet. Fristen for å melde seg til undervisning i emnet er onsdag i veke 3. Du får svar på om du har fått plass på emnet på Studentweb seinast måndag i veka etter fristen.

Det er obligatorisk oppmøte på første forelesing/orienteringsmøtet, og du kan risikere å miste plassen om du ikkje møter. Dersom du ikkje kan møte på første forelesing/orienteringsmøtet må du kontakte studieseksjonen på e-post: studie.bio@uib.no. Tidspunkt for første forelesing/orienteringsmøtet finn du i timeplanen under «Ressursar» øvst til høgre eller på Mitt UiB.

Undervisningsstad

Bergen
Krav til forkunnskapar
Tilrådde forkunnskapar
Ingen
Studiepoengsreduksjon
BINF100: 5 sp
Krav til studierett
For opptak til emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet og at du oppfyller forkunnskapskrava.
Arbeids- og undervisningsformer

Emnet gis som førelesningar og studentøvingar

Førelesningar, 2 timar per uke

Studentøvingar, 4 timer per uke

Obligatorisk undervisningsaktivitet

Første forelesning / orientering er obligatorisk.

Mot slutten av semesteret skal kvar student levere inn ein rapport som tek for seg bioinformatiske problem. Rapporten må vere godkjent før ein kan ta eksamen.

Gjennomførte aktivitetar er gyldig i seks semester (undervisningssemesteret og dei fem påfølgande semestra). All obligatorisk aktivitet må vere godkjent før ein kan ta eksamen.

Vurderingsformer
Skriftleg eksamen, 4 timar.
Karakterskala
Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.
Vurderingssemester
Det er eksamen kvart semester
Litteraturliste
Litteraturlista vil vere klar innan 01.07. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.
Emneevaluering
Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.
Hjelpemiddel til eksamen
Enkel kalkulator i samsvar med modell oppført i fakultetets reglar.
Programansvarleg
Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studeprogrammet og alle emna der.
Emneansvarleg
Håkon Dahle (Hakon.Dahle@uib.no)
Administrativt ansvarleg
Det matematisk-naturvitskaplege fakultet ved institutt for biovitskap har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.