Fylogenetiske metodar

Teoretisk og praktisk innføring i fylogeniestimering ved bruk av parsimoni-, likelihood-, og distansemetoder. Behandling av morfologiske og molekylære karakterer. Bruk av fylogenier for å studere historisk biogeografi, karakterevolusjon, koevolusjon, evolusjonshastighet og molekylære klokker. Kurset gir en teoretisk innføring i fylogenetiske metoder med tema som omhandler ulike datatyper, egenskaper ved fylogenetiske trær, modeller for evolusjonær endring, fylogenetisk signal, modelltesting, parsimony, "likelihood", Bayesianske metoder, karakterrekonstruksjon og fylogenetisk hypotesetesting.

Gjennom praktiske øvelser vil studenten få erfaring med noen av de mest hyppig brukte dataprogrammene i fylogenetisk forskning, blant annet PAUP*, MrBayes, og BEAST. Deltakerne vil lære å forberede sine data, utforske egenskapene til data, utføre ulike former for tresøk og hvordan en kan presentere sine resultater med ulike grafiske programmer.

Kurset sikter mot å sette studenten i stand til å kunne reprodusere sentrale deler av fylogenetiske analyser fra et gitt publisert forskningsarbeid og til å kunne vurdere resultat og konklusjoner i slike arbeid. Ved fullført kurs skal studenten kunne forberede og utføre fylogenetiske analyser ved å:

• nytte egnet programvare til å sammenstille DNA-sekvensdata
• finne og benytte relevant "Genbank"-informasjon om homologe DNA-sekvenser
• finne leseramme for proteinkodande gen med en relevant kodontabell
• sammenstille ulike datasett i én fil og definere ulike partisjoner av data
• skrive kommandofiler som inkluderer / ekskluderer deler av data i ulike operasjoner
• finne de beste evolusjonsmodellene for ulike datasett og definere disse modellene for bruk i aktuelle dataprogram
• beregne trelengde og "likelihood" for et gitt fylogenetisk tre
• bruke optimale tresøkemetoder med parsimoni og "likelihood"
• bruke Bayesiske metoder i søk etter tretopologi, beregning av sannsynlighet greiner, greinlengder og parameterverdier for en modell
• bruke ulike molekylære klokker
• presentere ulike grafiske formater av fylogenetiske trær for publisering
• vise god forståelse av sammenhenger mellom strukturen i fylogenetiske trær og fortolkninger av de evolusjonsbiologiske prosesser som produserer ulike trestrukturer

Haust

Emnet har eit avgrensa tal plassar og inngår i undervisningsopptaket ved MN-fakultetet. Emnet vil kun bli arrangert dersom minimum 5 studentar melder seg til emnet. Fristen for å melde seg til undervising i emnet er onsdag i veke 33. Du får svar på om du har fått plass på emnet på Studentweb seinast måndag veka etter fristen.

Det er obligatorisk oppmøte på første forelesing/orienteringsmøtet, og du kan risikere å miste plassen om du ikkje møter. Dersom du ikkje kan møte må du kontakte studieseksjonen (studie.bio@uib.no). Tidspunkt for første forelesing/orienteringsmøtet finn du i timeplanen under "Ressursar" øvst til høgre eller på Mitt UiB.