Molekylmodellering

Masteremne

Emnebeskrivelse

Mål og innhald

Dette kurset har som mål å introdusere studentar til prinsippa og teknikkane for molekylær modellering, med eit fokus på biomolekylære applikasjonar.

For studentar som er tekne opp til Integrert masterprogram i  Data Science kvalifiserer emnet for kravet til 5 studiepoeng i fysikk og 5 studiepoeng i kjemi i sivilingeniørgraden.

Læringsutbyte

Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:  

Kunnskapar

Studenten

  • har ei generell forståing av konseptet med statistiske mekaniske ensemble
  • kan identifisere lengde- og tidsskalaer som er eigna for molekylære dynamikksimuleringar
  • veit kva eit klassisk kraftfelt er og forstår moglegheitene og avgrensingane til den klassiske tilnærmingakraftfelt av:
    • kraftfelt av klasse I (generell form) mot klasse II (kryssvilkår)
    • grunnlaget for parametrisering av kraftfelt
  • er kjent med nøkkelkonsept innan molekylær dynamikk, som integratorar, periodiske grensevilkår og handsaming av elektrostatikk
  • kjenner prinsippet for Monte Carlo-prøvetaking
  • veit korleis ein kan utvinne frie energiar frå molekylære simuleringar
  • forstår moglegheitene og avgrensingane til docking-tilnærmingar
  • er i stand til å utvinne relevante molekylære eigenskapar frå simuleringa

Ferdigheiter

Studenten

  • kan forklare dei underliggjande kjemiske, fysiske og matematiske prinsippa for molekylær modellering og simulering
  • vel og nyttar passande modelleringstilnærmingar til ulike molekylære system
  • Set opp og utfører molekylære dynamikksimuleringar og docking-søk ved hjelp av Unix/Linux
  • Analyserer simuleringresultat og utvinn nyttig informasjon
  • Visualiserer molekylære strukturar og baner for læring

 

Generell kompetanse

Studenten

  • er i stand til å reflektere over bruken av molekylær modellering for å adressere kjemirelaterte spørsmål, og vurderer om modelleringstilnærmingar er eigna for spesifikke problem
  • er i stand til å gjenkjenne teoretiske rammeverk i nye simulasjonsteknikkar

Studiepoeng, omfang

10 studiepoeng

Studienivå (studiesyklus)

Master

Undervisningssemester

Vår.

Undervisningsstad

Bergen
Krav til forkunnskapar
Ingen
Tilrådde forkunnskapar
KJEM110, KJEM120, KJEM130, MAT101. Kjennskap til Linux er ein føremon.
Studiepoengsreduksjon
K220: 10 stp
Krav til studierett
For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet, samt at du oppfyller eventuelle opptakskrav
Arbeids- og undervisningsformer
Førelesingar, øvingar og rapportar.
Obligatorisk undervisningsaktivitet
Øvingsoppgåver. Obligatoriske aktivitetar er gyldige i 5 påfølgande semester. Obligatoriske innleveringar må leverast innan fastsette fristar for å få obligatoriske aktivitetar godkjende og for å få tilgang til avsluttande eksamen i emnet.
Vurderingsformer

Mappevurdering

Bestående av øvelser 20 % og 4 timer skriftlig skoleeksamen 80 %

Karakterskala
Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.
Vurderingssemester
Det er ordinær eksamen kvart semester
Litteraturliste
Litteraturlista vil vere klar innan 01.07. for haustsemesteret og  01.12. for vårsemesteret.
Emneevaluering

Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.

Oversikt over tidlegare emneevalueringar: kvalitetsbasen.app.uib.no/?faknr=12&instnr=31

Hjelpemiddel til eksamen
Tillatne hjelpemiddel: Enkel kalkulator i samsvar med modell oppført i fakultetets reglar
Programansvarleg
Programstyret er ansvarleg for studieprogrammet og emna.
Emneansvarleg
Emneansvarleg og administrativ kontaktperson finn du på Mitt UiB, kontakt eventuelt Studierettleiar@kj.uib.no
Administrativt ansvarleg
Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet ved Kjemisk institutt administrerer emnet.