Lene Lindquist studerte fløyte ved Norges Musikkhøgskole i Oslo, med Per Øien, Ørnulf Gulbrandsen, og piccolo med Andrew Cunningham. Hun gikk også postgraduate studium ved Royal Academy of Music hos professor William Bennett. 

Ved siden av å undervise på Griegakademiet, er hun alternerende solofløytist i Bergen Filharmoniske Orkester.