Jeg er en bioinformatikkspesialist (senior ingeniør) ved BIOS, der jeg bruker min erfaring innen programmering, strukturell bioinformatikk, genetisk epidemiologi, og data science for å utforske store datamengder, gjennomføre kompliserte analyser, og visualisere resultatene. Jeg er også en av grunnleggerne i R-Ladies Bergen, en del av R-Ladies Global, som er en støttegruppe for kvinnelige R-programmerer.

Jeg jobber på flere prosjekter, blant annet, med prof. Marte Bjørk hvor hoved fokus er på folattilskud for gravide kvinner med epilepsi; med prof. Håkon Gjessing og prof. Siri Håberg i prosjektet Studie av assistert reproduktiv teknologi (START) - epigenetiske mekanismer; og med prof. Trond Riise i gruppen DRONE - Drug Repurposing fOr Neurological disEases.

I mitt tidligere prosjekt, var jeg ansvarlig for kvalitetskontrollen av store dataset av epigenetiske markører (DNA metylering). Som en del av teamet, utviklet jeg en R pakke for å forenkle tilgang til de store data mengder. Vi forberedet og gjennomførte analysene for å sjekke kvaliteten på data og for å omstrukturere dem til videre bruk. Før dette, studerte jeg genetiske og epigenetiske interaksjoner som kan føre til sykdom. Prosjektet var et samarbeid mellom Prof. Rolv Terje Lie (IGS, UiB) og Prof. Inge Jonassen (CBU, UiB) og integrerte metoder fra statistikk, genetikk, epidemiologi og bioinformatikk, for analyse av store genetiske dataset. Jeg var ansvarlig for implementering av nye metoder som utvikles i forskningsgruppen, hvor jeg brukte R (Haplin R pakke), samt utviklet en ny pakke for å spesifisk håndtere epigenetiske data til disse analysene (HaplinMethyl). Ved siden av hovedprosjektet, var jeg involvert i analyser og visualisering av resultatene fra andre studier i forskningsgruppen.

Før jeg kom til Bergen, jobbet jeg på Heidelberg Institute for Theoretical Studies, i Tyskland, hvor jeg skaffet meg forskningsmidler fra den prestisjetunge European Molecular Biology Organization (EMBO). Arbeidsoppgavene mine inkluderte utvikling og implementering av programvare for simulering av biomolekylære interaksjoner (strukturell bioinformatikk), som en del av utviklingsteamet, samt analyse av simuleringene og visualisering av resultatene. Programvaren er skrevet i Fortran (SDA, Simulation of Diffusional Association), men jeg brukte også R og Python. I løpet av mitt dotorgradsstudie i fysikk (med spesialisering i teorietisk biofysikk) ved University of Warsaw, Warszawa, Polen, studerte jeg interaksjoner mellom protein og antibiotika. I løpet av doktorgraden, utivklet jeg selvstendig programvare i Java for analyser av biomolekylære bevegelser (GeoStaS). Parallelt til mitt doktorgradstudie, tok jeg flere fag i informatikk blant annet programmering, algoritmer, kodeteori, og maskinlæring.

Sammen med kollega Janne Mannseth tilbyr vi kurs i innføring i R-programmering og data analyse for PhD-studenter i medisin, RMED901.

Jeg var en emneansvarlig for kurset "Anvendt bioinformatikk II" (MOL217) i vår semesteret 2017.

 

2023

• Romanowska, Julia; Bjørnevik, Kjetil Lauvland; Cortese, Marianna et al. (2023). Association between Use of Any of the Drugs Prescribed in Norway and the Subsequent Risk of Parkinson Disease: A Drug-wide Association Study. (ekstern lenke)
• Romanowska, Julia; Bjørnevik, Kjetil; Cortese, Marianna et al. (2023). Drug-wide prospective study associates thirty-one drug classes with the risk of Parkinson’s disease. (ekstern lenke)
• Haftorn, Kristine Løkås; Romanowska, Julia; Lee, Yunsung et al. (2023). Stability selection enhances feature selection and enables accurate prediction of gestational age using only five DNA methylation sites.. (ekstern lenke)
• Gjessing, Håkon Kristian; Gjerdevik, Miriam; Romanowska, Julia et al. (2023). Family-based methods to identify genes implicated in infertility and fetal viability. (ekstern lenke)
• Skodvin, Siri Nærland; Gjessing, Håkon; Gjerdevik, Miriam et al. (2023). Family-based methods to identify genes implicated in infertility and fetal viability. (ekstern lenke)
• Skodvin, Siri Nærland; Gjessing, Håkon Kristian; Jugessur, Astanand et al. (2023). Statistical methods to detect mother-father genetic interaction effects on risk of infertility: A genome-wide approach. (ekstern lenke)
• Gjessing, Håkon; Gjerdevik, Miriam; Jugessur, Astanand et al. (2023). Family-based methods to identify genes implicated in infertility and fetal viability. (ekstern lenke)
• Romanowska, Julia; Nustad, Haakon Egdetveit; Page, Christian Magnus et al. (2023). The X-factor in ART: does the use of assisted reproductive technologies influence DNA methylation on the X chromosome?. (ekstern lenke)
• Tuominen, Julia Axiina; Bjørnevik, Kjetil Lauvland; Romanowska, Julia et al. (2023). Beta2-adrenoreceptor agonists and long-term risk of Parkinson's disease. (ekstern lenke)
• Husebye, Elisabeth Synnøve Nilsen; Romanowska, Julia; Monsen, Anne-Lise Bjørke et al. (2023). Does maternal genetic liability to folate deficiency influence the risk of antiseizure medication-associated language impairment and autistic traits in children of women with epilepsy?. (ekstern lenke)
• Haftorn, Kristine Løkås; Romanowska, Julia; Lee, Yunsung et al. (2023). Stability selection enhances feature selection and enables accurate prediction of gestational age using only five DNA methylation sites. (ekstern lenke)
• Haftorn, Kristine Løkås; Denault, William Robert Paul; Lee, Yunsung et al. (2023). Nucleated red blood cells explain most of the association between DNA methylation and gestational age. (ekstern lenke)

2022

• Romanowska, Julia; Nustad, Haakon; Page, Christian Magnus et al. (2022). The X-factor in ART: does the use of Assisted Reproductive Technologies influence DNA methylation on the X chromosome?. (ekstern lenke)
• Romanowska, Julia (2022). Do assisted reproductive technology (ART) procedures influence DNA methylation on the X chromosome?. (ekstern lenke)

2021

• Denault, William Robert Paul; Romanowska, Julia; Haaland, Øystein Ariansen et al. (2021). Wavelet Screening identifies regions highly enriched for differentially methylated loci for orofacial clefts. (ekstern lenke)
• Tuominen, Julia Axiina; Igland, Jannicke; Romanowska, Julia et al. (2021). Definition of Parkinson's disease and estimation of its incidence based on nationwide prescription- and diagnostic data. (ekstern lenke)
• Denault, William Robert Paul; Romanowska, Julia; Helgeland, Øyvind et al. (2021). A fast wavelet-based functional association analysis replicates several susceptibility loci for birth weight in a Norwegian population. (ekstern lenke)

2020

• Joshi, Anagha; Romanowska, Julia (2020). Chapter Twenty-Eight - approaches in epigenetics studies. (ekstern lenke)
• Gjerdevik, Miriam; Gjessing, Håkon K.; Romanowska, Julia et al. (2020). Design efficiency in genetic association studies. (ekstern lenke)
• Romanowska, Julia; Haaland, Øystein Ariansen; Jugessur, Astanand et al. (2020). Gene-methylation interactions: Discovering region-wise DNA methylation levels that modify SNP-associated disease risk. (ekstern lenke)

2019

• Gjerdevik, Miriam; Jugessur, Astanand; Haaland, Øystein Ariansen et al. (2019). Haplin power analysis: a software module for power and sample size calculations in genetic association analyses of family triads and unrelated controls. (ekstern lenke)
• Romanowska, Julia; Joshi, Anagha (2019). From genotype to phenotype: Through chromatin. (ekstern lenke)
• Haaland, Øystein Ariansen; Romanowska, Julia; Gjerdevik, Miriam et al. (2019). A genome-wide scan of cleft lip triads identifies parent-of-origin interaction effects between ANK3 and maternal smoking, and between ARHGEF10 and alcohol consumption. (ekstern lenke)

2018

• Haaland, Øystein Ariansen; Lie, Rolv T.; Romanowska, Julia et al. (2018). A genome-wide search for gene-environment effects in isolated cleft lip with or without cleft palate triads points to an interaction between maternal periconceptional vitamin use and variants in ESRRG. (ekstern lenke)
• Skare, Øivind; Lie, Rolv T.; Haaland, Øystein Ariansen et al. (2018). Analysis of parent-of-origin effects on the X chromosome in asian and european orofacial cleft triads identifies associations with DMD, FGF13, EGFL6, and additional loci at Xp22.2. (ekstern lenke)

2017

• Skare, Øivind; Gjessing, Håkon K.; Gjerdevik, Miriam et al. (2017). A new approach to chromosome-wide analysis of X-linked markers identifies new associations in Asian and European case-parent triads of orofacial clefts. (ekstern lenke)
• Gjerdevik, Miriam; Haaland, Øystein Ariansen; Romanowska, Julia et al. (2017). Parent-of-origin-environment interactions in case-parent triads with or without independent controls. (ekstern lenke)
• Haaland, Øystein Ariansen; Jugessur, Astanand; Gjerdevik, Miriam et al. (2017). Genome-wide analysis of parent-of-origin interaction effects with environmental exposure (PoOxE): An application to European and Asian cleft palate trios. (ekstern lenke)

2015

• Romanowska, Julia; Kokh, Daria B.; Wade, Rebecca C. (2015). When the Label Matters: Adsorption of Labeled and Unlabeled Proteins on Charged Surfaces. (ekstern lenke)
• Romanowska, Julia; Gjessing, Håkon K.; Jonassen, Inge et al. (2015). Haplin — a powerful tool for studying gene-environment interactions. (ekstern lenke)
• Martinez, Michael; Bruce, Neil J.; Romanowska, Julia et al. (2015). SDA 7: A modular and parallel implementation of the simulation of diffusional association software. (ekstern lenke)

Se en full oversikt over publikasjoner i Cristin

Se min side på Google Scholar.

 

 

 

Drug Repurposing for NEurological diseases (DRONE)

Study of Assisted Reproductive Technology (START) – Epigenic mechanisms