Jeg er leder for Institutt for informatikk og har i denne rollen overordnet ansvar for instituttets virksomhet inkludert forskning og utdanning.  

Mitt eget forskningsfelt er bioinformatikk - utvikling og bruk av informatikk-metoder på analyse av molekylærbiologiske data. Jeg er interessert i metoder for oppdaging av mønstre, data-analyse, algoritmer og maskinlæring anvendt på molekylærbiologiske data. Min forskning inkluderer tett samarbeid med eksperimentelle grupper innen for ulike biologiske og biomedisinske felt. Jeg arbeider med analyse av ulike typer data slik som DNA-sekvenser (og genomer), proteiners sekvenser og struktur, gen-uttrykkingsdata og data produsert av høykapasitets-teknologier innen for eksempel sekvensering. Gruppen min er også engasjert i utvikling og bruk av metoder for integrasjon av data og verktøy innen bioinformatikk.

Jeg underviser primært kurs innen feltet bioinformatikk, men har også undervist blant annet brukerkurs i informatikk og kurs innen databaser. 

2024

• Dimitrios Kleftogiannis; Sonia Gavasso; Benedicte Sjo Tislevoll et al. (2024). Automated cell type annotation and exploration of single-cell signaling dynamics using mass cytometry. (ekstern lenke)
• Bram Danneels; Raquel Ruivo; Diogo Oliveira et al. (2024). Gene set annotation and pseudogene prediction using reference genomes. (ekstern lenke)
• Bram Danneels; Anders Goksøyr; Inge Jonassen et al. (2024). Gene loss in the chemical defensome of marine mammals. (ekstern lenke)
• Fekadu Yadetie; Xiaokang Zhang; Anna Reboa et al. (2024). Transcriptome analysis reveals effects of ethynylestradiol and bisphenol A on multiple endocrine and metabolic pathways in the pituitary and liver of female Atlantic cod (Gadus morhua). (ekstern lenke)

2023

• Rezvan Ehsani; Inge Jonassen; Lars Andreas Akslen et al. (2023). LOCATOR: feature extraction and spatial analysis of the cancer tissue microenvironment using mass cytometry imaging technologies. (ekstern lenke)
• Nadja R Brun; Marta Eide; Siri Øfsthus Goksøyr et al. (2023). Toxicogenomics using precision-cut liver slice culture in fish. (ekstern lenke)
• Fekadu Yadetie; Nadja Rebecca Brun; Mette Helen Bjørge Müller et al. (2023). Toxicogenomics using precision-cut liver slice culture in fish. (ekstern lenke)
• Marta Eide; Anders Goksøyr; Fekadu Yadetie et al. (2023). Integrative omics-analysis of lipid metabolism regulation by peroxisome proliferator-activated receptor a and b agonists in male Atlantic cod. (ekstern lenke)
• Bram Danneels; Anders Goksøyr; Inge Jonassen (2023). A genomic approach to decode marine mammal toxicology. (ekstern lenke)
• Benedicte Sjo Tislevoll; Monica Hellesøy; Oda Helen Eck Fagerholt et al. (2023). Author Correction: Early response evaluation by single cell signaling profiling in acute myeloid leukemia (Nature Communications, (2023), 14, 1, (115), 10.1038/s41467-022-35624-4). (ekstern lenke)
• Benedicte Sjo Tislevoll; Monica Hellesøy; Oda Helen Eck Fagerholt et al. (2023). Early response evaluation by single cell signaling profiling in acute myeloid leukemia. (ekstern lenke)

2022

• Dimitrios Kleftogiannis; Benedicte Sjo Tislevoll; Monica Hellesøy et al. (2022). Identifying predictors of survival in patients with leukemia using single-cell mass cytometry and machine learning. (ekstern lenke)
• Benedicte Sjo Tislevoll; Monica Hellesøy; Oda Helen Eck Fagerholt et al. (2022). Early response evaluation by single cell signaling profiling in acute myeloid leukemia. (ekstern lenke)
• Michael Dondrup; Christiane Eichner; Sussie Dalvin et al. (2022). LiceBase- An organism-Specific Database for Functional Genomics of Salmon Louse. (ekstern lenke)

2021

• Ksenia Lavrichenko; Øyvind Helgeland; Pål Rasmus Njølstad et al. (2021). SeeCiTe: a method to assess CNV calls from SNP arrays using trio data. (ekstern lenke)
• Morten Goodwin; Klas Henning Pettersen; Inge Jonassen (2021). Episode 2 - Inge Jonassen forklarer sammenheng mellom kunstig intelligens og proteinfolding. (ekstern lenke)
• Rune Nielsen; Yaxin Xue; Inge Jonassen et al. (2021). Repeated bronchoscopy in health and obstructive lung disease: is the airway microbiome stable?. (ekstern lenke)
• Xiaokang Zhang; Inge Jonassen; Anders Goksøyr (2021). Machine Learning Approaches for Biomarker Discovery Using Gene Expression Data. (ekstern lenke)
• Zhaoran Zhou; Christiane Eichner; Frank Nilsen et al. (2021). A novel approach to co-expression network analysis identifies modules and genes relevant for moulting and development in the Atlantic salmon louse (Lepeophtheirus salmonis). (ekstern lenke)
• Ksenia Lavrichenko; Stefan Johansson; Inge Jonassen (2021). Comprehensive characterization of copy number variation (CNV) called from array, long- and short-read data. (ekstern lenke)
• Marta Eide; Xiaokang Zhang; Odd André Karlsen et al. (2021). The chemical defensome of five model teleost fish. (ekstern lenke)
• Christine Stansberg; Eivind Hovig; Nils Peder Willassen et al. (2021). Det er arbeidskrevende å gjøre data delbare!. (ekstern lenke)
• Rasmus Skern-Mauritzen; Ketil Malde; Christiane Eichner et al. (2021). The salmon louse genome: Copepod features and parasitic adaptations. (ekstern lenke)

2020

• Essa Ahsan Khan; Xiaokang Zhang; Eileen Marie Hanna et al. (2020). Quantitative transcriptomics, and lipidomics in evaluating ovarian developmental effects in Atlantic cod (Gadus morhua) caged at a capped marine waste disposal site. (ekstern lenke)
• Trygve Brautaset; Inge Jonassen; Korbinian Bösl et al. (2020). På tide å sette av fem prosent av prosjektmidlene til datahåndtering?. (ekstern lenke)
• Yaxin Xue; Inge Jonassen; Lise Øvreås et al. (2020). Metagenome-assembled genome distribution and key functionality highlight importance of aerobic metabolism in Svalbard permafrost. (ekstern lenke)
• Katrine Lekang; Anders Lanzén; Inge Jonassen et al. (2020). Evaluation of a eukaryote phylogenetic microarray for environmental monitoring of marine sediments. (ekstern lenke)
• Marta Eide; Anders Goksøyr; Fekadu Yadetie et al. (2020). A multi-omics approach to study Ppar-mediated regulation of lipid metabolism in Atlantic cod (Gadus morhua). (ekstern lenke)
• Eileen Marie Hanna; Xiaokang Zhang; Marta Eide et al. (2020). ReCodLiver0.9: Overcoming Challenges in Genome-Scale Metabolic Reconstruction of a Non-model Species. (ekstern lenke)
• Julia Romanowska; Øystein Ariansen Haaland; Astanand Jugessur et al. (2020). Gene-methylation interactions: Discovering region-wise DNA methylation levels that modify SNP-associated disease risk. (ekstern lenke)

Se en fullstendig oversikt over publikasjoner i NVA.

Se også min profil i google scholar: https://scholar.google.com/citations?user=RqvFRN4AAAAJ&hl=no&oi=ao